JALは、国内線で以下の航空会社とコードシェア（共同運航）を実施しています。 コードシェア便のサービスは、運航会社の基準により行います。
フジドリームエアラインズ（FDA）
天草エアライン（AMX）
オリエンタルエアブリッジ（ORC）
